Vamos a responder:
1.- Un directorio no necesariamente tiene que ser una granja de enlaces. Para dejar mas en claro tendre que explicarte que es una granja de enlaces:
Una granja de enlaces es un intercambio de enlaces mutuo con varias paginas, como ejemplo pondre algo asi, yo te pido un intercambio de enlaces, y al webmaster de dofollow tambien, y tu haces lo mismo entonces los 3 tendriamos enlaces apuntandonos a los 3, yo te tendria a ti, tu a mi, yo y tu al webmaster de dofollow, y el webmaster de dofollow a ambos.
No estoy seguro de si un intercambio de enlaces mutuo tambien es granja de enlaces (tu-yo), pero uno en el que 3 sitios o mas estan involucrados si es un considerado granja de enlaces.
Entonces si el directorio web te pide que agreges un enlace a tu sitio no es necesariamente una granja de enlaces, al menos que alguien que este registrado en ese directorio este compartiendo enlaces contigo.
Lo que si queda claro es que Google prefiere los sitios sin reciproco, en este caso los directorios que no te piden que agreges un enlace de ellos en tu sitio. Y por ello los enlaces cruzados son los preferidos por los SEO.
Intente ser lo mas claro posible, ojala puedas entenderlo o alguien pueda decirtelo de una forma mas simple
Saludos Cordiales.
